Kebanyakan penerbangan dari Muscat International Airport adalah ke Dubai dan ke Kuala Lumpur tetapi terdapat banyak lagi penerbangan ke destinasi lain juga, kebanyakannya melalui Oman Air. Berikut ialah destinasi paling popular dari Muscat International Airport:
Dubai (DXB)
Kuala Lumpur (XKLA)
Bangkok (BKKA)Abu Dhabi (AUH)
Doha (DOH)
Istanbul (ISTA)
Jeddah (JED)
Kochi (COK)
Jakarta (JKTA)
Amman (AMM)
Amsterdam (AMS)
Islamabad (ISB)Mumbai (BOM)
