De meeste vluchten van Muscat International Airport zijn naar Dubai en Kuala Lumpur maar er zijn veel meer direct vluchten naar andere bestemmingen, de meeste door Oman Air. Dit zijn de meest populaire bestemmingen vanaf Muscat International Airport:
Dubai (DXB)
Kuala Lumpur (XKLA)
Bangkok (BKKA)Abu Dhabi (AUH)
Doha (DOH)
Istanbul (ISTA)
Jeddah (JED)
Kochi (COK)
Jakarta (JKTA)
Amman (AMM)
Amsterdam (AMS)
Islamabad (ISB)Mumbai (BOM)
