Nagasaki Airport bukan lapangan terbang yang besar jadi tidak banyak penerbangan yang berlepas ke sini. Hanya terdapat beberapa destinasi yang boleh anda capai dari Nagasaki Airport, kebanyakan destinasi ini dikendalikan oleh Japan Airlines. Ramai orang mengambil penerbangan ke Osaka dan berpindah ke penerbangan lain di sana.
