Kebanyakan penerbangan dari Pune Airport adalah ke Delhi dan ke Bangalore tetapi terdapat banyak lagi penerbangan ke destinasi lain juga, kebanyakannya melalui Air India Express. Berikut ialah destinasi paling popular dari Pune Airport:
Delhi (DEL)Bangalore (BLR)Ahmedabad (AMD)Indore (IDR)Lucknow (LKO)Bhubaneswar (BBI)Jaipur (JAI)Hyderabad (HYD)Chennai (MAA)Surat (STV)Bagdogra (IXB)Kochi (COK)Bhopal (BHO)
