Labuan Airport is een kleine luchthaven en dus zijn er niet veel directe vluchten vanaf hier. Slechts een aantal bestemmingen zijn rechtstreeks te bereiken vanaf Labuan Airport, de meeste zijn vluchten van . De meeste mensen nemen eerst een vlucht naar Kota Kinabalu en stappen daar over op een andere vlucht.
Kota Kinabalu (BKI)