De meeste vluchten van Faro Airport zijn naar Lisbon en Eindhoven maar er zijn veel meer direct vluchten naar andere bestemmingen, de meeste door Transavia. Op een gemiddelde dag zijn er vanaf Faro Airport 10 verschillende bestemmingen te bereiken met direct vluchten. Dit zijn de meest populaire bestemmingen:
Alle hier genoemde prijzen zijn gevonden in Juli 2017