Ang Wamena Airport ay hindi isang malaking airport kaya walang masyadong flight na umaalis dito. Kaunti lang ang mga destinasyon na maaari mong marating mula sa Wamena Airport, karamihan sa mga ito ay pinapatakbo ng Thai Airways. Maraming tao ang lumilipad patungong Jayapura at lumipat sa ibang flight doon.
