Kebanyakan penerbangan dari Yogyakarta International Airport adalah ke Jakarta dan ke Denpasar Bali tetapi terdapat banyak lagi penerbangan ke destinasi lain juga, kebanyakannya melalui Batik Air. Berikut ialah destinasi paling popular dari Yogyakarta International Airport:
Jakarta (JKTA)Denpasar Bali (DPS)Makassar (UPG)Balikpapan (BPN)Batam (BTH)
Kuala Lumpur (XKLA)Medan (KNO)Banjarmasin (BDJ)Palembang (PLM)Pontianak (PNK)
Singapura (SIN)Lombok (LOP)Padang (PDG)Samarinda (AAP)
