Kebanyakan penerbangan dari Yogyakarta International Airport adalah ke Jakarta dan ke Makassar tetapi terdapat banyak lagi penerbangan ke destinasi lain juga, kebanyakannya melalui Super Air Jet. Berikut ialah destinasi paling popular dari Yogyakarta International Airport:
Jakarta (JKTA)Makassar (UPG)Balikpapan (BPN)Denpasar Bali (DPS)Pontianak (PNK)
Kuala Lumpur (XKLA)
Singapura (SIN)Batam (BTH)Medan (KNO)Banjarmasin (BDJ)Palembang (PLM)Pangkal Pinang (PGK)Jambi (DJB)Bandung (BDO)
