De meeste vluchten van Yogyakarta International Airport zijn naar Jakarta en Makassar maar er zijn veel meer direct vluchten naar andere bestemmingen, de meeste door Super Air Jet. Dit zijn de meest populaire bestemmingen vanaf Yogyakarta International Airport:
Jakarta (JKTA)Makassar (UPG)Balikpapan (BPN)Denpasar Bali (DPS)Pontianak (PNK)
Kuala Lumpur (XKLA)
Singapore (SIN)Batam (BTH)Medan (KNO)Banjarmasin (BDJ)Palembang (PLM)Pangkal Pinang (PGK)Jambi (DJB)Bandung (BDO)
