De meeste vluchten van Yogyakarta International Airport zijn naar Jakarta en Denpasar Bali maar er zijn veel meer direct vluchten naar andere bestemmingen, de meeste door Batik Air. Dit zijn de meest populaire bestemmingen vanaf Yogyakarta International Airport:
Jakarta (JKTA)Denpasar Bali (DPS)Makassar (UPG)Balikpapan (BPN)Batam (BTH)
Kuala Lumpur (XKLA)Medan (KNO)Banjarmasin (BDJ)Palembang (PLM)Pontianak (PNK)
Singapore (SIN)Lombok (LOP)Padang (PDG)Samarinda (AAP)
