Karamihan sa mga flight mula sa Yogyakarta International Airport ay papunta sa Jakarta at sa Makassar ngunit marami pang mga flight papunta sa iba pang mga destinasyon, karamihan sa kanila ay sa pamamagitan ng Super Air Jet.Narito ang mga pinakasikat na destinasyon:
Jakarta (JKTA)Makassar (UPG)Balikpapan (BPN)Denpasar Bali (DPS)Pontianak (PNK)
Kuala Lumpur (XKLA)
Singapore (SIN)Batam (BTH)Medan (KNO)Banjarmasin (BDJ)Palembang (PLM)Pangkal Pinang (PGK)Jambi (DJB)Bandung (BDO)
