Kebanyakan penerbangan dari Yogyakarta International Airport adalah ke Jakarta dan Makassar tapi adalah penerbangan ke tujuan lain juga, kebanyakan dioperasikan oleh Super Air Jet. Ini tujuan terpopular dari Yogyakarta International Airport:
Jakarta (JKTA)Makassar (UPG)Balikpapan (BPN)Denpasar Bali (DPS)Pontianak (PNK)
Kuala Lumpur (XKLA)
Singapura (SIN)Batam (BTH)Medan (KNO)Banjarmasin (BDJ)Palembang (PLM)Pangkal Pinang (PGK)Jambi (DJB)Bandung (BDO)
