Kebanyakan penerbangan dari Yogyakarta International Airport adalah ke Jakarta dan Denpasar Bali tapi adalah penerbangan ke tujuan lain juga, kebanyakan dioperasikan oleh Batik Air. Ini tujuan terpopular dari Yogyakarta International Airport:
Jakarta (JKTA)Denpasar Bali (DPS)Makassar (UPG)Balikpapan (BPN)Batam (BTH)
Kuala Lumpur (XKLA)Medan (KNO)Banjarmasin (BDJ)Palembang (PLM)Pontianak (PNK)
Singapura (SIN)Lombok (LOP)Padang (PDG)Samarinda (AAP)
